L'initiative du concile a été prise par l'empereur à destination du pape Donus, prédécesseur d'Agathon et confirmée par Agathon une fois élu. L'empereur écrivit en 678 au pape Donus (r. 676-678) suggérant la tenue d’un concile qui règlerait la question du mnothelisme une fois pour toutes. Lorsque la lettre parvint à Rome, le pape Donus était mort, mais son successeur Agathon (r. 678-681) réagit favorablement à l’idée et fit convoquer des synodes à travers l’Europe pour recueillir les vues de l’Occident chrétien, puis il réunit un synode général de quelque cent-vingt-cinq évêques à Rome lors de la fête de Pâques 680.
Le 6eme concile œcuménique ne s'ouvrit qu' APRES Pâques 680 et fut approuvé par les légats du pape Agathon.

La dix-septième session datée du 11 septembre 681 servit à définir la confession de foi du Concile qui fut adoptée lors de la dernière session en date du 16 septembre à laquelle assistèrent l’empereur et plus de cent soixante évêques. Dans cette confession de foi, le concile :

*reconnaissait les cinq conciles œcuméniques précédents ;

*condamnait les auteurs de la nouvelle erreur : Théodore de Pharan, Serge, Pyrrhus, Paul et Pierre de Constantinople ;
* approuvait les deux lettres du pape Agathon et de son concile comme conformes à la doctrine du concile de Chalcédoine.

Les trois légats du pape signèrent le document, suivis des patriarches de Constantinople, d’Alexandrie (représenté par le prêtre Pierre), d’Antioche (Théophane ayant été nommé entretemps pour succéder à Macaire) et de Jérusalem (représenté par le prêtre Pierre). Après quoi l’assemblée acclama l’empereur comme « nouveau David », « nouveau Marcien » et « nouveau Justinien » ; ce dernier ajouta en dernier sa signature et émit un édit pour l’exécution des décrets du concile.

Le pape Agathon devait mourir en janvier 681. Ce fut donc son successeur, Léon II (r. 682-683) qui reçut les deux lettres par lesquelles le concile répondait aux lettres initiales du pape Agathon et des évêques d’Occident qui avaient assisté au synode de Rome et qui confirma à l’empereur la conformité de leur contenu aux doctrines des cinq précédents conciles. La grande querelle du monothélisme était ainsi officiellement terminée.

Et le pape Saint Léon II confirma à l'empereur l'anatheme fulminé contre Honorius.

La lettre de Saint Léon II à l'empereur Constantin se termine ainsi :

Pariterque anathematizamus novi erroris inventores, id est Theodorum Pharanitanum episcopum, Cyrum Alexandrinum, Sergium, Pyrrhum . . . necnon et Honorium, qui hanc apostolicam Ecclesiam non apostolicae traditionis doctrina lustravit, sed profana proditione immaculatam fidem subvertere conatus est (graeca recensio: = maculari permisit).

ce qui peut se traduire par :

Et de la même manière Nous anathématisons les inventeurs de la nouvelle erreur, à savoir Théodore, l'évêque de Pharan, Cyrus d'Alexandrie, Serge, Pyrrhus ...de même aussi que Honorius qui n'a pas purifié cette Eglise apostolique par l'enseignement de la tradition apostolique, mais a tenté de subvertir la foi immaculée en une trahison impie (texte grec : a permis que l'Eglise immaculée soit souillée par une trahison impie).

Le Pape saint Léon confirma le 6eme concile general et traduisit lui-même du grec au latin les actes du concile dont vous avez un extrait, plus haut pour qu'ils soient mieux diffusés en Occident. Il confirma aussi les autres conciles généraux qui avaient été reunis auparavant, et condamna les erreurs et les hérésies qui y avaient été condamnées.